Американские биологи научились определять последовательность ДНК через микроскоп
Работа исследователей должна быть опубликована в журнале Journal of the Royal Society Interface, на момент написания заметки пресс релиз, предоставленный Нью Йоркским университетом публикует сайт PhysOrg.com.
Для определения последовательности к молекулам ДНК присоединяются наночастицы, затем молекулу наносят на подложку и сканируют скоростным атомно-силовым микроскопом.
Подробности обработки ДНК и характер специфичного присоединения наночастиц в зависимости от последовательности ДНК в пресс-релизе не приводятся.
Полученные изображения обрабатывают на компьютере для установления последовательности нуклеотидов в молекуле. Свой метод авторы назвали "прямым распознаванием молекул".
В качестве теста метода ученые использовали определение последовательности ДНК-копий матричных РНК (кДНК), синтезируемых в клетке. Метод секвенирования кДНК в последнее время используется биологами для массового определения активности тех или иных генов в разных тканях или клетках в качестве альтернативы технике ДНК-микрочипов.
Свой метод авторы назвали "прямым распознаванием молекул"
Если этот способ действительно работает так, как утверждают авторы, то он будет иметь два существенных преимущества. Во-первых, он будет способен, в отличие от бурно развивающихся методов пиросеквенирования, определять последовательности длинных участков ДНК. Это преимущество дает возможность секвенировать участки со множественными повторами последовательности, недоступные для пиросеквенирования и часто встречающиеся в геноме человека.
Во-вторых, метод позволит определять последовательность индивидуальной молекулы ДНК, например, полученной из единичной клетки. На сегодняшний день на это способны два принципиальных метода - метод с использованием нанопор и группа методов с использованием фиксированных на подложке индивидуальных молекул ферментов. В случае более известного метода нанопор индивидуальная одноцепочечная молекула ДНК протаскивается через пору диаметром несколько нанометров, находящуюся в непроницаемой для ионов мембране. При прохождении сквозь пору разных нуклеотидов разность потенциалов на мембране изменяется неодинаково и на основе этого определяется последовательность протаскиваемой ДНК.
Отметим, в прошлом году шведские и финские биологи разработали методику, позволяющую пометить любую молекулу РНК или ДНК и определить их общее количество, не пересчитывая все молекулы в растворе, что значительно увеличит точность всех современных технологий чтения и копирования переносчиков генетической информации.